Die Therapie der Thrombose ist aktuellen Veränderungen unterworfen. Während in Deutschland in der Vergangenheit ab einem gewissen Ausmaß des Befundes Bettruhe angeordnet wurde, geht die neuere Entwicklung in Übereinstimmung mit dem internationalen Vorgehen mehr und mehr dazu über, Patienten mit einer Thrombose mobil zu halten. Ob eine stationäre Therapie im Krankenhaus angezeigt ist, wird zunehmend vom Allgemeinzustand des Patienten abhängig gemacht. Wenn das Risiko einer Lungenembolie sehr groß ist, werden die Beine hochgelagert und es wird für ein bis zwei Tage Bettruhe verordnet, da sich sonst leichter Blutgerinnsel lösen und in die Lunge geschwemmt werden können. Nach ein bis zwei Tagen ist das Blutgerinnsel soweit vernetzt und fest an der Gefäßwand haftend, dass die Gefahr der Lungenembolie geringer wird und der Patient mit einem Kompressionsverband aufstehen und umhergehen kann. Auch wenn der Patient von vornherein mobil bleibt, ist eine Kompressionstherapie unumgänglich.
Um zu vermeiden, dass sich das Gerinnsel vergrößert oder sich zusätzliche Gerinnsel bilden, müssen bei der tiefen Beinvenenthrombose im Allgemeinen Medikamente eingesetzt werden, welche die Gerinnungsfähigkeit des Blutes herabsetzen. Hierzu werden zunächst meist heparinhaltige Präparate eingesetzt, die täglich in das Unterhautfettgewebe am Bauch oder Oberschenkel eingespritzt werden. Nach einiger Zeit können diese Spritzen durch cumarinhaltige Tabletten ("Marcumar") ersetzt werden. Cumarine hemmen die Produktion von Gerinnungsfaktoren in der Leber und senken so ebenfalls die Gerinnungsfähigkeit des Blutes. Das Risiko des erneuten Auftretens einer Thrombose wird auf diese Weise deutlich verringert. Die medikamentöse Therapie führt man gewöhnlich mindestens sechs Monate durch, im Einzelfall wird die Dauer aber vom Ausmaß der Erkrankung und vom eventuellen Vorliegen von Komplikationen abhängig gemacht.
In Ausnahmefällen kommt auch eine operative Entfernung des Thrombus in der Vene in Betracht. Es kann mitunter auch versucht werden, den Thrombus im Rahmen der sogenannten "Lysetherapie" durch Gabe von Medikamenten aufzulösen. Der Einsatz dieser Therapie muss im Einzelfall jedoch sorgfältig abgewogen werden, da dem therapeutischen Effekt nicht unbeträchtliche unerwünschte Wirkungen gegenüberstehen.